Ardından Almanya'da Köln Üniversitesi'nde doktorasını tamamladı. 1970 yılında Gazi Üniversitesi'nde doktor asistan olarak akademik kariyerini sürdürdü. 1973 yılında, doçent olan Gürkan, 37 yaşında profesör ünvanını aldı. Gazi Üniversitesi'ne bağlı Gazetecilik ve Halkla ilişkiler Yüksek Okulu'nda müdürlük yapan Aydın Güven Gürkan, uzun yıllar Ekonomik Doktrinler kürsü başkanlığında bulundu.
1981 yılında YÖK sistemini ve baskıları protesto ederek üniversiteden ayrıldıktan sonra, 1983 yılında politikaya atılan Gürkan, Halkçı Parti'den 17. dönem Antalya milletvekili seçildi. Gürkan, 1984'te HP'nin Genel Sekreterliği'ne, 1985'te partinin Genel Başkanlığı'na getirildi. Birleşme konusunda SODEP Genel Başkanı Erdal İnönü ile temaslar yürüterek, 3 Kasım 1985’te gerçekleşen birleşmenin mimarlarından oldu. SHP adını alan birleşik partinin ilk kurucu genel başkanı oldu ve bu görevi daha sonra Erdal İnönü'ye devretti. Aynı yılın Eylül ayında SHP Genel Başkan Yardımcılığı’na seçilen Aydın Güven Gürkan, 29 Kasım 1987 tarihinde SHP Genel Başkan Yardımcılığı’na 2. kez getirildi.
Gürkan, 29 Kasım 1987 tarihinde yapılan genel seçimlerde parlamento dışında kalarak, aktif politikaya bir süre ara verdi. Daha sonra aktif politikaya yeniden dönen Gürkan, 30 Temmuz 1991 tarihinde yapılan kurultayda SHP Parti Meclisi üyeliğine seçilerek, parti tarafından yeniden aktif olarak görevlendirilmiş oldu. 1991 seçimlerinde İçel'den yeniden milletvekili seçildi. Partinin grup başkanvekilliğini üstlenen Gürkan, bir süre Çalışma ve Sosyal Güvenlik Bakanlığı görevinde de bulundu. Gürkan, 2002 yılında Yeni Türkiye Partisi'ne (YTP) katılmıştı.
Almanca ve İngilizce bilen Gürkan’ın, çeşitli ders notlarının yanısıra yayınlanmış çok sayıda makalesi ve “Kalkınmanın sosyo-ekonomik Sorunları” adı bir de kitabı bulunuyor.
Mide kanseri olan ve yaklaşık 1,5 yıl tedavi gören Gürkan, 22 Ocak 2006'da yaşamını yitirdi. Sanatçı Serap Aksoy ile evli olan Gürkan’ın, bir çocuğu bulunuyordu.