1956 ve 1960 yılında İstanbul Yüksek İktisat ve Ticaret Mektebi'nde okudu. Öncü kişiliği sayesinde öğrencilik yıllarında "Talebe Cemiyeti" başkanlığı yaptı. Daha henüz okurken yani, 1958'de babasından ayrı olarak firma kurdu. Mecidiyeköy Vergi Dairesine kayıt yaptırarak, nakliyecilik, müteahhitlik, otomobil, ticari araç, iş ve inşaat makinaları ile ilgili işler yapmaya başladı. 1961 yılında ilk şahsi şirketini kurdu. 1970 yılına kadar zahirecilik ve ecza depoculuğu gibi işlerle de uğraştı.
1974'de ilk sanayi şirketini kurdu. Bu yıldan sonra İstanbul Ticaret Odası Meclis ve Yönetim Kurulu Üyeliği, onu takip eden yıllarda da Türkiye Odalar ve Borsalar Birliği Yönetim Kurulu Üyeliği yaptı.
1979 yılında Milliyet Gazetesi'ni devir alarak yayıncılığa girdi. O yıllarda en yeni yayıncı iken bugün ulusal gazete sahiplerinin en kıdemlisi oldu. 1986 - 1996 yılları arasında Türkiye Gazete Sahipleri Sendikası Başkanlığı'nı da üstlendi. 1998 yılında Tokyo'da yapılan Dünya Yayıncılık Birliği (WAN) toplantısında ülkemizden, seçimle ilk kez Yönetim Kurulu Üyeliği'ne seçildi. 1999 yılında T.C. Devlet Üstün Hizmet madalyası ile ödüllendirildi. 1999 yılında Girne Amerikan Üniversitesi'nden ve 2000 yılında da Ege Üniversitesi'nden fahri doktora ünvanı aldı.
Doğan, 1977 yılından bu yana İstanbul Ticaret Odası vergi rekortmenleri arasındadır. 1996 yılında Aydın Doğan Vakfını kurarak eğitim ve kültüre hizmete başladı. Kendisinin ve aile fertlerinin ismini taşıyan 5 okul yaptırdı. 1958 yılında 3 kişi ile başladığı Doğan Grubunu bu gün 15.000'i aşkın çalışanıyla muazzam bir grup haline getirdi. Doğan Grubu yayıncılıktan sanayiye, bankacılıktan turizme kadar 50 adet şirketten oluşmaktadır. Aydın Doğan evli, 4 çocuk sahibidir.