Aptamerler aşağıdaki gibi sınıflandırılabilirler.
- DNA veya RNA aptamerleri, genelde kısa oligonukleit dizileri içerirler.
- Peptid aptamerleri, kısa değişken peptide domainleri içerir, protein scafffoldunun iki tarafından tutunurlar.
DNA ve RNA aptamerleri
Aptamerler, laboratuvarda düzenlenmiş birer nükleik asit çeşitidir, ve SELEX (systematic evolution of ligands by exponential enrichment) yöntemiyle oluşturulurlar bu yöntem yenilemeli bir prosesten oluşur, başlangıç kütüphanesi PCR ile çoğaltılır ve RNA`ya transkribe edilir. Hedefe spesifik RNA hedef molekülle ilişkiye sokularak belirlenir ve sıkı bağlanan RNA molekülü ortamdan alınarak cDNA`ya ters transkribe edilir ve çift sarmal DNA, PCR ile çoğaltılır. Bu zenginleşitirilmiş bağlanma dizileri tekrardan RNA`ya transkribe edilir bu operasyon 5 ile 12 arası tekrarlanarak hedef moleküle en sıkı bağlanan RNA seçilmiş olur. Başta küçük moleküller, proteinler, nükleik asitler, hücreler, dokular, organlar olmak üzere çeşitli moleküllere bağlanabilir. Aptamerler, biyoteknolojide ve tedavisel uygulamalarda bazı molekülleri (örneğin; biomolekül, antikor) tanımlama özellikleri sebebiyle kullanılır.Ayrıca çabuk sentezlenmeleri ve bir deney tüpünde bile elde edilebilmeleri açısından yaygındırlar.
Peptid aptamerleri
Peptid aptamerleri, hücre içinde diğer protein ilişkilerinin engellenmesi için oluşturulmuş protein yapılardır. Çiftli sarmal yapıdan oluşur, bu sarmal yapı bağlanma affinitesini çok yüksek seviyelere taşır.
Kullanım alanları:
- Tedavi amaçlı
- Hedef onaylama
- İlaç seçimi
- Yakınlık ayırımı
- Diagnostik ve biosensörler