ANAP ikinci kez 21 Aralık 1987'de tek başına hükümet oldu. Bu dönem 9.11.1989 yılına kadar sürdü. Özal'ın 9 Kasım 1989'da cumhurbaşkanı olarak ANAP Genel Başkanı seçilmesinin ardından partinin başına Yıldırım Akbulut geçti. ANAP yapılan ilk seçimlerde yine tek başına iktidardı.
15 Haziran 1991 tarihinde yapılan Anavatan Partisi Büyük Kongresinde Genel Başkanlığa Mesut Yılmaz seçildi. Genel Başkanlığını Mesut Yılmaz'ın yaptığı ANAP hükümeti 5 Temmuz 1991 günü TBMM. Genel Kurulunda güvenoyu aldı.
Muhalefet günleri
20 Ekim 1991 günü yapılan genel seçimlerden sonra ANAP artık Ana Muhalefet Partisi olarak siyasi faaliyetlerini sürdürmeye başladı. ANAP'ın iktidardan uzak kaldığı dönem 24 Aralık 1995 seçimlerine kadar sürdü. Anavatan Partisi bu seçimde Türkiye genelinde yüzde 19.66 oyla 131 milletvekili ile Meclis'e girdi. 6.3.1996'te DYP ile kaolisyon kurulunca ANAP yine iktidar partisi, genel başkan Mesut Yılmaz da Başbakan oldu.ANAYOL hükümetinin ömrü dört aydan kısa sürdü ve koalisyon 28 Haziran 1996'da dağıldı. ANAP yeniden muhalefet partisiydi. Ancak Necmettin Erbakan'ın başbakanlığı ile kurulan Refahyol hükümeti de bir yıllık iktidarın ardından dağılınca ANAP'a yine hükümet olma yolu göründü ve ANAP; DSP ve DTP ile ortaklık kurarak 20.6.1997'de 55'inci hükümeti oluşturdu ve 11 Ocak 1999'a kadar iktidar partisi olarak zirvede kaldı.
Ayrıca bakınız
Liste - Türkiye'deki siyasi partiler18 Nisan seçimlerinde yüzde 13.22'lik oy oranı ile Meclis'e 86 milletvekili sokan ANAP, DSP ve MHP ile oluşan koalisyonda yeralarak yeniden iktidar oldu. Genel başkan Mesut Yılmaz da Başbakan Yardımcısı oldu.
3 Kasım 2002'de yapılan seçimlerde yüzde 5.12 oy alarak, Meclis dışında kaldı. Yılmaz da istifa edeceğini açıkladı. Yılmaz'ın parti başkanlığından ayrılması ile birlikte Ali Talip Özdemir ANAP genel başkanlığına seçildi. Ali Talip Özdemir'den sonra genel başkanlığa seçilen Nesrin Nas ANAP genel başkanlığından istifa etti. ANAP şu sıralar genel başkansız bir parti olarak siyasi hayatını sürdürüyor.