AmigaOS'un çekirdeği sistemin Kicktsart olarak bilinen ROM'unda yer alır. Bu çekirdek, "Monolithic Kernel" yapısındadır. Bu çekirdek yapısı QNX, Linux gibi işletim sistemlerinde de kullanılmaktadır.
Monolithic Kernel, bir bütün halinde yazılan kernel dizaynına verilen addır. Modüler bir dizaynın arada mesajlarla, data transferleriyle zaman kaybetmemesi gibi dezavantajları bulunmayan, bu sebeple de daha hızlı olan çekirdek tasarımıdır. Ayrıca kolay bir tasarım olarak geçmektedir. Ancak kaynak kodunda yapılan değişiklikler bütün çekirdeğin yeniden derlenmesini gerektirir. Monolithic çekirdekte bütün donanım sürücüleri çekirdeğin içine gömülü haldedir. İşletim sistemi donanıma erişim için gerekli sürücüleri içinde barındırır. Mikro çekirdeklere göre daha büyüktürler ancak yazılımların çekirdek ile olan uyumu sayesinde daha hızlı ve stabil çalışırlar. Performans açısından mikro çekirdeklere göre daha iyidirler ve son derece sağlamdırlar. Fakat çekirdek tarafından desteklenmeyen bir donanım eklendiği taktirde ya çekirdeği yeniden derlemeniz ya da gerekli yamayı yüklemeniz gerekir. (Kaynak: ek$i sözlük)
Bu çekirdeğin Amiga'ların Kickstart ROM'unda gömülü olduğunu düşünürsek; Amiga sistemlerde çekirdeğin yenilenmesi için Kickstart Rom'unuzu yenilemeniz gerekir. Ancak bunu değiştirmeden yapabilmeniz de mümkün. Bunu sağlayan bazı yazılımlar ve destekleyen donanımlar vardır. (Örn.: Blizzard turbo kartlardaki “MapROM” özelliğinizi kullanmanızı sağlayan “Blizzkick”, ReLoKick gibi yazılımlar vardır. Bu yazılımlar sayesinde Amiga'nızın çekirdeğini istediğiniz gibi modifiye edip bir dosya halinde bilgisayarınızın herhangi bir yerinde saklayarak istediğiniz zaman kullanabilirsiniz.)
AmigaDOS, temelleri 1976 yılında atılan TRIPOS adlı işletim sisteminin 1981 yılında Motorola'nın 68000 serisi işlemcilerine uyarlanmış versiyonunun 1985 yılında Commodore-Amiga firmasının sadece grafik arayüzlü olarak tasarlanması düşünülen AmigaOS'ta çıkan bazı hatalar yüzünden Amiga serisi bilgisayarlara adapte edilmiş halidir. Belirtilen hatalar olmasaydı AmigaOS'un bir parçası haline gelmeyecekti. Ancak zamanla AmigaOS için olmazsa olmaz haline gelmiştir. Günümüzde de aynı önemini korumaktadır. AmigaOS 1.0 sürümünün ilk piyasaya sürüldüğü tarih 23 Haziran 1985'tir. AmigaOS'un hedef aldığı kullanıcı kitlesi iş istasyonları ve ev kullanımı idi.
Workbench, Kickstart ve AmigaDOS üzerinde çalışan bir yamadan çok masaüstü ve iş istasyon sistemleri için tasarlanmış bir işletim sistemidir. Bu işletim sistemi renkli grafik arayüzüne sahipti ve zamanının ötesinde çok gelişmiş özellikler barındırırdı. Örneğin çalıştıracağınız programın ikonlarında yer alan değişken bilgiler ve komutlar sayesinde programın nasıl bir ekranda açılacağını, ne kadar bellek kullanabileceği, oyunlarda hile kodlarını girmek gibi birçok farklı şey kullanılırdı. Bunun hala tam bir örneği herhangi bir işletim sisteminde yoktur. Güvenilir ve hızlı bir işletim sistemidir.
AmigaOS'un desteklediği mimariler, öncelikli olarak Motorola 68k işlemcileri ve gene Motorola ve IBM firmalarının ürettiği PowerPC teknolojileridir.
AmigaOS'a en benzer işletim sistemleri en başta QNX (İşletim sisteminin temel yapısı AmigaOS ile şaşırtıcı şekilde benzerlikler göstermektedir.), Linux (çekirdek mimarisi yüzünden), MorphOS (AmigaOS uyumlu) ve x86 mimarisi üzerinde çalışan AROS. AmigaOS'un hala geliştirildiğini ve tamamıyla PowerPC mimarisine uyarlandığını, beta sürümünün sonlarına yaklaştığını ve beta olduğu halde birçok işletim sisteminin piyasadaki güvenilir sürümünden daha sağlam, hızlı ve esnek olduğunu belirtmek istiyorum. AmigaOS 4.0 şu an için sadece Amiga1 anakartlarında çalışıyor ancak değişik anakartlar için de çalışmalar sürüyor.