Adayı 1850`den itibaren askeri amaçlarla kullanan ABD yönetimi, 1868`de adaya sonraları yerli önderlerinin hapsedildiği askeri bir cezaevi yaptırdı. Yeni bina ve tesisler eklenerek 1934 yılında federal hapishane olarak hizmete sokulan Alkatraz Hapishanesi, 1963 yılına kadar 29 yıl sürecek zorlu sürecini başlatmış oldu.
Ada üzerinde olması, amaca uygun inşası ve profesyonelce yönetimi ile Alkatraz, dönemin en güvenli hapishanelerinden biri olmuş, bu nedenle hapishaneye prensip olarak yeni mahkumlar alınmayarak zamanın en azılı ve tehlikeli mahkumları diğer hapishanelerden buraya nakledilmiştir. Başlangıç olarak, 1934 Haziran ayında ordudan 32, Ağustos ayında Washington McNeil Adasından 11, Atlanta Federal Hapishanesinden 53, Kansas Leavenworth hapishanesinden ise 102 mahkum Alkatraz`a ayak basmıştır. Bunların arasınada Al Capone, Doc Barker, Makineli Tüfek George Kelly, Kuş Adam Robert Stroud, Bonnie & Clyde`nin şoförü Floyd Hamilton ve Ürpertici Alvin Karpis gibi ünlüler de yer almakta idi.
Nisan 1934`de B, C, D bloklarında hizmet vermek üzere resmen açılmış olan Alkadraz Hapishanesi`nin başına, son derece deneyimli ve işini çok iyi bilen James A. Johnston Hapishane Müdürü olarak tayin edildi. Elbette sayıları 300`ü bulan bu azılı ve tehlikeli mahkumları yönetmek kolay bir iş değildi. Bu nedenle Müdür Johnston ağır kurallar koyarak ve koyduğu kurallardan hemen hemen hiç taviz vermeyerek 300 mahkumu 1946 yılındaki kanlı ayaklanmanın dışında yönetmeyi, hapishaneyi ve mahkumları sürekli medyadan gizlemeyi başarmıştır. Öyleki, tahliyeden sonra dahi bir çok mahkumun bir daha izine rastlanamamıştır.
29 yıl hizmetten sonra Alkatraz Hapishanesi 21 Mart 1963`te kapatıldı. Hapishane şu anda müze olarak, ada ise 1982 yılından beri Golden Gate Ulusal Dinlence Bölgesi`nin bir parçası olarak kullanılmaktadır.
