ODTÜ'de öğrenim gördüğü yıllarda ODTÜ Türk Halk Bilimi Topluluğunda (THBT) iki dönem (1994 ve 1996) yönetim kurulu başkanlığı yanında çeşitli seviyelerde bağlama dersleri verdi, bu kurumun Türk Halk Müziği (THM) korosunu çalıştırdı (1995). Mezuniyetinden sonra askerliği süresince bağlama derslerine devam etti. Daha sonra iki yıl boyunca İzmir'den gelip gitmek suretiyle aynı koroyu çalıştırdı (2002, 2003).
Çeşitli yörelerden, özellikle Aydın, Muğla ve İzmir yöresine ait derlemiş olduğu ezgilerle THM dağarına katkıda bulundu. Daha çok “ağır zeybekler” üzerine inceleme ve araştırma çalışmalarında bulundu. Derlemelerinin ana öğesini ise Aydın - Germencik ve Muğla - Milas'taki “kaba zurna” kültürü oluşturmaktadır.
Derlemelerinden bazılarının Türkiye Radyo ve Televizyon Kurumu (TRT) THM Repertuarı ve Kültür Bakanlığı Halk Kültürlerini Araştırma ve Geliştirme Genel Müdürlüğü (HAGEM) Türk Halk Ezgileri Repertuarına alınması ilgili kurullarca uygun bulunmuş, çeşitli yayınlarda bu derlemelere yer verilmiştir. Bunun yanında bazı besteleri de TRT Türk Sanat Müziği (TSM) Repertuarına kabul edilmiştir.
Zeybek kültürüne ilişkin çeşitli çalışmalarının yanı sıra özellikle ses sistemi, nota yazımı, akort, diyapozon, transpozisyon, çalgı yapısı ve standardizasyon, vb. Geleneksel Türk Müziği'nde henüz çözümü üzerinde tam bir görüş birliğine varılamamış konular üzerine çalışmalarda bulunmuştur. Ayrıca Anadolu Rum Müziğinin özellikle Smyrneika kolu üzerinde de çalışmalarda bulunmuş, bu kolla bağlantılı olarak Yunanistan'da ortaya çıkmış olan Rebetika türü ile ilgilenmiştir.
Çeşitli yayınlarda yayınlanmış makale ve röportajları da bulunan Ali Fuat Aydın, yurt içinde ve dışında katıldığı çeşitli panel, sempozyum, konferans vb. etkinliklerin yanı sıra müzikal çalışmalarına ilişkin toplu ve bireysel olarak pek çok konser, stüdyo çalışması ve radyo-televizyon programında yer almıştır.
Cenk Güray ve Celal Sezer ile birlikte THM'nin ruhunu anlayıp ifadelendirmeye yönelik çalışmaları uzun süredir devam etmektedir. Cenk Güray ile birlikte 2006 yılında düzenledikleri “Ege'nin Gizi” ve “Zeybek Havaları” başlıklı iki ayrı konser kaydı albüm olarak da ilgililere sunulmuştur.