Alfred Thayer Mahan, 2 yıl Kolombiya Üniversitesi`ne devam etmiş, ancak daha sonra, ailesinin onaylamamasına rağmen, Deniz Harp Okulu`na (United States Naval Academy) geçmiştir. 1859 yılında Deniz Harp Okulu`ndan ikincilikle mezun olmuştur. 1861-1865 yılları arasında süren Amerikan İç Savaşı`nda çeşitli görevler almıştır. Her ne kadar düşünceleriyle Amerika`ya yön vermiş, tarihe iz bırakmış bir asker olsa da, başarılı bir komutan olmadığı ve yönettiği gemilerin çeşitli savaşlarda ciddi yaralar aldığı bilinmektedir.
1886 - 1889 yılları arasında, 1885 yılında kurulan Amerikan Deniz Savaşları Koleji`nin 2. başkanı olmuştur. 1892 - 1893 yılları arasında aynı görevi tekrar icra etmiştir. Bu görev sırasında, 1887 yılında, Theodore Roosevelt ile tanışmış ve arkadaşlık yapmıştır. Bu süreçte ders notlarını düzenleyerek, 1890 yılında, “The Influence of Sea Power upon History, 1660-1783” isimli kitabını ve 1892 yılında “The Influence of Sea Power upon the French Revolution and Empire, 1793-1812” isimli kitabını yayımlamıştır.
Mahan, akademik çalışmalarına emekli olduktan sonra da devam etmiştir. Harvard, Yale, Kolombiya, Dartmouth ve McGill okullarından fahri dereceler almıştır.
1902 yılında Mahan, “Orta Doğu” tanımını icat etmiş ve “The Persian Gulf and International Relations” makalesinde bu tanımı kullanmıştır.
1906 yılında, Kongre`nin İç Savaşa katılan tüm albayları, tuğgeneral/tuğamiral yapma kararı sonucu tuğamiral olmuştur.
Mahan`a atfen, birçok gemiye USS Mahan ismi verilmiştir.