Çok sayıda siyasi cinayet, bombalama, kahve tarama ve hapisten adam kaçırma gibi olayların örgütleyicisi olarak suçlandı.
25 Ağustos 1978'de Sakarya'da Nevzat Bor ve Mustafa Pehlivanlı'yla birlikte gözaltına alındı. İstanbul'a götürülen Çatlı, daha sonra serbest bırakıldı. Ankara polisi tarafından tekrar gözaltına alınan Çatlı, tekrar serbest bırakıldı.
Çatlı, ÜGD Genel Başkan Yardımcısı olduğu dönemde, ÜGD'nin yerine Ülkü Yolu Derneği'ni Nevşehir'de kurdu. 11 Temmuz 1978'de Ankara'da işlenen Doç. Dr. Bedrettin Cömert cinayetinin faili olarak arandı.
7 TİP'li genç cinayeti
9 Ekim 1978'de Ankara Bahçelievler'de Türkiye İşçi Partisi (TİP) üyesi yedi gencin öldürüldüğü olayın düzenleyicisi ve baş sorumlusu olarak hakkında 1982 yılında gıyabi tutuklama kararı çıkarıldı.Çatlı, daha sonra İstanbul'a yerleşerek Hasan Kurtoğlu sahte kimliğiyle yaşadı ve birçok eyleme karıştı. Bu dönemde, silah ve uyuşturucu kaçakçılarıyla yakın ilişki kurdu.
Mehmet Ali Ağca'nın Maltepe Askeri Cezaevi'nden kaçırılması olayının organizasyonunda yer aldığı, Ağca'yı evinde sakladığı ileri sürüldü.
12 Eylül'den sonra Nevşehir Emniyet Müdürlüğü'nden sağladığı sahte pasaportla yurtdışına çıktı. 13 Mayıs 1981'de Ağca tarafından gerçekleştirilen Papa suikastının düzenleyicileri arasında yer aldığı öne sürüldü.
22 Şubat 1982'de İsviçre'de Mehmet Saral adına düzenlenmiş bir pasaportla, Mehmet Tarol adına düzenlenmiş sahte pasaport kullanan Oral Çelik ve Durmuş Unutmaz adına düzenlenmiş sahte pasaport kullanan Mehmet Şener'le birlikte yakalandı. Çatlı serbest bırakılırken, Mehmet Şener tutuklandı.
ASALA ve Papa
MİT'in resmi belgelerinde, 22 Ekim 1983'te Paris'te MİT'le temasa geçtiği ve ASALA'ya karşı beş ayrı eylemde yer aldıktan sonra 24 Ekim 1984'te uyuşturucuyla yakalandığı gerekçesiyle ilişkisinin kesildiği yer aldı.22 Ekim 1984'te Paris'te 450 gram eroinle yakalandığı için Fransa'da 4.5 yıl hapis cezasına çarptırıldı. Bu dönemde Papa suikastını kendisinin planladığını, Oral Çelik'i bulabileceğini, bildiklerinden dolayı iki kez öldürülmek istendiğini, serbest kalmak garantisiyle herşeyi anlatabileceğini söyledi. Ancak mahkemede verdiği ifadede söylediklerini reddetti.
Uyuşturucu bulundurmak suçuyla yedi yıl ceza aldığı İsviçre'ye iade edildi. Bu dönemde Türkiye'nin iade talebi, idamla yargılandığı gerekçesiyle Fransa tarafından reddedildi. 21 Mart 1990'da İsviçre Bostadel Cezaevi'nden kaçtı.
Türkiye'ye gizlice geldikten sonra Şahin Ekli ismiyle kullandığı pasaportun sahte olduğunun anlaşılması üzerine 1993'te Yeşilköy Havalimanı'nda gözaltına alındı ancak serbest bırakıldı.
İşadamı Mehmet Özbey
Çatlı, 3 Ekim 1994'te İstanbul'da yabancı plakalı kaçak durumdaki araç ile yakalandı ve Mehmet Özbey kimliğiyle çıkarıldığı savcılık tarafından kayden işlem yapılarak serbest bırakıldı.Abdullah Çatlı'nın Mehmet Özbay sahte kimliğiyle Baysa İnşaat, GSC Tekstil Ürünleri, Limon Lokantacılık, Japet Et Mamülleri, Sultan Tekstil ve Gülden Tekstil adlarında altı şirkette ortaklığı olduğu ortaya çıktı.
Çatlı; Mehmet Özbay, Mehmet Özbey, Abdullah Çatalı, Abdullah Çaltı, Mehmet Saral, Hasan Dağarslan, Hasan Kurtoğlu ve Şahin Ekli sahte isimlerini kullanıyordu.
Çatlı, 3 Kasım 1996'da Susurluk'ta meydana gelen bir trafik kazasında, DYP Milletvekili Sedat Bucak, polis şefi Hüseyin Kocadağ ve sevgilisi Gonca Us'un da içinde bulunduğu bir arabada öldü.
Çatlı'nın üzerinden dönemin İçişleri Bakanı Mehmet Ağar'ın imzasının bulunduğu silah taşıma belgesi ve yeşil pasaport çıktı. Çatlı'nın otopsi raporunda ölmeden önce kokain kullandığı belirlendi.