Han, Hollanda'dan gereken nükleer bilgi ve tecrübe ile ülkesine döndükten sonra bir ekip ile Pakistan'ın nükleer programını gizlice başlattı, kendi adıyla anılan Han Laboratuvar'ını kurdu ve sonunda Pakistan en başta onun çaba ve dehasıyla 1998 yılında ilk nükleer silah denemesini başarıyla gerçekleştirdi. Bu denemeden sonra birkaç başarılı deneme daha yapıldı ve sonunda Pakistan resmen dünya nükleer kulübünün yeni üyesi oldu. Şüphesiz Pakistan bu çalışmaları yaparken Hindistan da aynı tür çalışmaları yaptı, bu ülke de nükleer kulübe Pakistan'dan önce üye oldu. Esasen Pakistan'ın nükleer programı Hindistan'ı dengelemek, bu ülkenin nükleer programına karşılık olarak doğdu ve gelişti. Bu çalışmalarda Abdülkadir Han en önemli, en belirleyici, en başarılı rolü oynadı ve ülkesine nükleer gücü kazandırdı.
Ne var ki, 2003'ün kasım ayından itibaren Abdülkadir Han'ın itibarına gölge düştü, hakkında çok ciddi iddialar, suçlamalar yapılmaya başlandı. Pakistan'ın en ünlü bilim adamı olarak bilinen Abdülkadir Han, Pakistan'ın gizli nükleer bilgilerini, dosyalarını İran, Libya ve Kuzey Kore'ye kanunsuz yollardan aktarmakla ve bu ülkelere Pakistan dizaynı nükleer yakıt zenginleştirici santrifüj cihazlarını satmakla suçlandı. Esasen bu iddiaların menşei de büyük ölçüde İran'dan kaynaklanıyordu. Milletlerarası Atom Enerjisi Kurumu (IAEA)'nun İran'a yaptığı baskılar sonucunda İran'ın bu kuruma verdiği gizli bilgilerden hareketle bu kurum İran'ın nükleer programında kullanılan bazı kaynaklar bakımından Pakistan'a ve Abdülkadir Han'a ulaşmış bulunuyordu. Nitekim daha sonraki süreçte Han, bu suçlamaları kabul etti.