1.Grup
Düzyurtspor
2.Grup
Yeni Diyarbakırspor
3.Grup
1930 Bafraspor
4.Grup
Payas Belediyespor 1975
5.Grup
68 Yeni Aksarayspor
6.Grup
Adliyespor
7.Grup
Kızılcabölükspor
8.Grup
Balçova Belediyespor
9.Grup
Ayvalıkgücü Belediyespor
10.Grup
Çıksalınspor
1
1.Grup
Tuzlaspor | yükselenler = | ligdendüşenler = Adana Gençlerbirliği
Adıyaman Belediyespor
Afyonkarahisarspor
Akçaabat Sebatspor
Akdeniz Belediyespor
Akyurt Belediyespor
Altınova Belediyespor
Araklıspor
Ardahanspor
As Akyazıspor
Bağcılarspor
Beykoz 1908
Beyoğluspor
Bigaspor
Bismil Belediyespor
Çine Madranspor
Dikbıyık Belediyespor
D.Bakır Kayapınar Bel.
Dumlupınar Üniversitesi Spor
Eskipazar Belediyespor
Genç Muratspor
Geredespor
Gönen Belediyespor
Gönenspor
Hakkari Zapspor
Iğdır Üniversitesispor
İl Özel İdarespor
İncirlispor
İstanbulspor Amatör
İzmit Çenesuyu Plajyoluspor
Kadirlispor
Kepez Belediyespor
Kırıkkale Yahşiyanspor
Kırklareli Sanayispor
Kızıltepe Barışspor
Kocaalispor
Kocasinan Şimşekspor
Konakspor
Küçükçekmecespor
Manavgat Belediyespor
Manisa İl Özel İdaresispor
Mudanyaspor
Ostimspor
Selçuklu Belediyespor
Siverek Belediyespor
Sökespor
Trabzon İdmangücü
Uşak İl Özel İdarespor
Van DSİ Spor
Yeni Amasyaspor
Yeşilovaspor
Yurtbaşı Belediyespor | kupa1 = | kupa1giden = | kupa2 = | kupa2giden = | kupa3 = | kupa3giden = | kupa4 = | kupa4giden = | golkralı = Nedim Burak Yıldırım
Bodrum Bel.Bodrumspor | golsayısı = 28 | toplammaç = 2120 | toplamgol = 5985 | farklımaç = | farklıtarih = | gollümaç = | gollütarih = | öncekisezon = 2011-12 | sonrakisezon = 2013-14 }} 2012-2013 sezonu Bölgesel Amatör Liginin 3 sezonudur. Lige 160 takım katılacaktır. 160 takım 15 takımlı 6 grup ve 14 takımlı 5 grupta çift devreli lig usulüne göre karşılaşacaklardır. Gruplarında ilk sırayı alan takımlar direk olarak 3. Lig 2013-2014 sezonunda oynamaya hak kazanacaklardır. Gruplarında son 2 sırada bulunan takımlar direk olarak kendi illerinin Amatör Liglerine düşeceklerdir. Ve ayrıca şehirlerin kontenjan ve takım sayılarına göre sezon sonunda Amatör Liglerden gelen takımlarla Play Out maçları oynanacaktır. Kazanan takımlar gelecek yıl Bölgesel amatör ligte yer alacaklardır. 2012-13 sezonu sonunda grupları şampiyon olarak tamamlayan Düzyurtspor, Yeni Diyarbakırspor, 1930 Bafraspor, Payas Belediyespor 1975, 68 Yeni Aksarayspor, Adliyespor, Kızılcabölükspor, Balçova Belediyespor, Ayvalıkgücü Belediyespor, Çıksalınspor ve Tuzlaspor 3.Lig'e yükselmişlerdir. Bodrum Belediyespor Bodrumspor'dan Nedim Burak Yıldırım takımı adına 28 gol atarak gol krallığına ulaşmıştır. Kendi illerinin Amatör Liglerinde oynadıkları maçlar sonunda Akalanspor, Aksaray Sanayispor, Anamur Belediyespor, Arnavutköy Belediyespor , Bozüyük Vitraspor, Çankırı Sosyal Hizmetler ve Çocuk Esirgeme Kurumu SK, Çapakçurspor, Çayırovaspor, Denizli İl Özel İdarespor, Elazığ Yolspor, Erdekspor, Etimesgut Belediyespor, Faroz Gençlik, Foça Belediyespor, Halide Edip Adıvar SK, Iğdır Gençlerbirliği, İlkadım Belediyespor, İncirliova Belediyespor, İnegöl Gençlergücü, Ispartaspor, İzmit Belediyespor, Kalespor, Karaköprü Belediyespor, Karapınar Belediyespor, Keçiören Bağlumspor, Keşanspor, Kırşehir Köy Hizmetlerispor, Kozan Belediyespor, Kuştepespor, Kütahya Özel İdare Köy Hizmetlerispor, Reyhanlıspor, Safranboluspor, Serdivanspor, Somaspor, Talasgücü Belediyespor, Turan İdman Yurdu, Yeni Kemer Belediyespor, Yenibosnaspor, Yeniköy SK, Yıldızeli Birlikspor ve Yüksekova Belediyespor direk olarak, BAL liginden gelen takımlarla oynanan