Savaştan Önce
Osmanlı Sultanı II. Bayezid ve Venedik Cumhuriyeti dukası Agostino Barbarigo(1486-1501)'nun başlarında olan Osmanlı-Venedik ilişkileri,1490'lardan itibaren bozulmaya başladı.Venedik,Osmanlıların giderek artan gücünden kaygılanıyor ve elinden geldiğince Osmanlıları yıpratmaya çalışıyordu.Fatih Sultan Mehmet döneminde,Venedik'le uzun süren bir savaş yapılmıştı(1463-79) ve Osmanlılar kazanmıştı.1479'da yapılan anlaşmayla Ege Denizi'ndeki bazı adaları Osmanlılara kaptıran Venedik,bu toprakları geri almak için çabalıyordu ve bu çabalar,Fatih Sultan Mehmet'in ardılı Sultan II. Bayezid'in tepkisini çekiyordu.1481 yılında Fatih Sultan Mehmet öldüğünde,ülkede taht kavgası baş göstermişti.Fatih'in en sevdiği oğlu olan Şehzade Cem(Cem Sultan),ağabeyi ve tahtın varisi II. Bayezid'e yenilmiş ve Anadolu'dan kaçmıştı.Ancak önce Saint Jean Şövalyeleri'ne,sonra da Papalık'a esir düşmüş,Avrupalıların elinde oyuncak gibi II. Bayezid'e karşı koz olarak kullanılmış ve sonunda II. Bayezid'in ödediği büyük paralarla Papa Alexander Borgia tarafından zehirletilerek öldürülmüştü(1495).Cem Sultan'ı oyuncak gibi kullananlar arasında Venedik Cumhuriyeti de vardı ve başından beri Venedik'e düşman olan II. Bayezid,Venedik'e hak ettiği dersi vermek istiyordu.Gitgide kötüleşen ilişkiler sonucu nihayet savaş patlak verdi.
İlk Savaş Yılları
} II. Bayezid,Venedik seferine çıkmak amacıyla 31 Mayıs 1499'da İstanbul'dan ayrıldı.Donanmayı o sıralarda Venedik hakimiyetinde olan Kıbrıs Adası'nın üzerine göndermek suretiyle, Kıbrıs'ın tehdit altında olduğu izlenimini verdirerek Venediklilerin kuvvetlerini dağıtmayı başarmıştı. Amiral Melchior Trevisano, Mora'daki Venedik üslerinin başkumandanı tayin edildi ve hummalı bir savunma hazırlığına başlandı.Sultan Vardar Yenicesi'ne geldi. Burada Rumeli Beylerbeyi Koca Mustafa Paşa, Venediklerin elindeki İnebahtı üzerine gönderildi. 1493'den beri Kaptan-ı Derya'lık görevinde bulunan Küçük Davut Paşa Mora sularındaydı.
200 parçalık büyük Venedik Donanması Osmanlı Donanması'nı Mora sularından uzaklaştırmak maksadıyla Modon açıklarına gelmişti. Donanmanın başında Amiral Antonio Grimaldi vardı. Mora'nın güneybatı ucundaki Gallo Burnu'nun açıklarında iki dev Donanma karşı karşıya geldi. Donanmayı Hümayun'u Kemal Reis idare ediyordu.
Sağ cenahın kumandanı Barak Reis amiral gemisini düşman gemilerinin arasına sürdü. Onlarca Venedik gemisi bu gemiyi indirmek için çalışıyorlardı. Düşman gemilerinin en yoğun olduğu bölgeye girip, gemideki barut deposunu ateşe veren Barak Reis, büyük bir patlamaya ve onlarca Venedik gemisinin infilakına neden oldu. Lakin kendisi ile birlikte 500 levent de ölenler arasındaydı. Bu hadisenin ardından taarruza geçen Osmanlı Donanması Venediklileri perişan etti.
Sapienza Deniz Savaşı ismi ile tarihe geçen bu savaş Osmanlıların tarihte kazandıkları ilk açık deniz savaşıdır. Büyük kahramanlıklarından dolayı Sapienza adasına Barak Reis adası adı verildi. Venedik Elçisi Alvise Manenti devletine gönderdiği raporda Osmanlı Sadrazamı'nın elçiye Sen Sinyoria hükümetine söyle artık deniz ile evlenmesini bıraksınlar; artık sıra bize gelmiştir. dediğini bildirmiştir.Bu zaferin ardından Venedik üslerini koruyacak bir kuvvet mevcut değildi.
30 Ağustos 1499'da, Sapienza zaferi'nden 33 gün sonra İnebahtı kalesi de Osmanlı'nın olmuştu. Bölgedeki büyük Venedik Amirali'nin donanması ile geri çekilmesi kaledekilerin maneviyatını bozmuş, kale komutanı kaleyi teslim etmişti. Osmanlı Ordusu için sıra, Mora'daki 3 büyük Venedik üssü olan Koron, Modon ve Navarin'e gelmişti.
Ancak bu sıralarda 1479'dan bu yana Osmanlı hakimiyetinde olan Kefalonya adasına Venedik asker çıkarıp işgal etmişti. Ardından önceleri kendi hakimiyetlerinde olan Preveze'de ki Osmanlı tersanelerini basıp, kızaktaki gemileri yakmışlar fakat geri püskürtülmüşlerdi.
Modon Deniz Savaşı
} İnebahtı Kalesi'nin ele geçirilmesi,Kemal Reis'i harekete geçirdi.Kaleyi kuşatan Kemal Reis,kısa sürede kaleyi geri aldı.Kış aylarını Nisan-Mayıs 1500'e kadar İnebahtı kalesinde geçirdi. Burada Osmanlı ülkelerinden getrilen 15,000 kadar gemi yapım vasıflı ustaları ve işçileri, Kemal Reis'in idaresine verilen Osmanlı donama gemilerini tamir edip yenilediler.Nisan-Mayis aylarında Kemal Reis filosu ile İnebahtı'dan ayrılıp yeni bir deniz seferine çıktı. Önce Korfu adasına yönelip bu adada bulunan Venedik idaresi altındaki limanlara hücum edip bunları topa tuttu. Ağustos 1500de üzerine sevkedilen bir Venedik filosu ile yakın savaşa tutuşup Venedik gemilerini kaçırttı. Sonra, denizden Modon kalesini bombardıman edip asker çıkartıp kaleyi ele geçirdi. Oradan Koron kıyılarına açıldı ve bu kıyılar açıklarında yeni bir Venedik filosu ile savaşa tutuştu. Bu önemli bir sonuç sağlamamakla beraber Kemal Reis ve karadan gelen Osmanlı birlikleri, Venedik deniz yardımından yoksun kalan, Koron kalesi'ni ve limanda bulunan bir Venedik brigantinini hemen ellerine geçirdiler. Oradan Sapienza adası açıklarına yönelen Kemal Reis ve donanma bu mevkide Lezza adında bir Venedik kadırgasını batırdı. Eylül 1500'de Kemal Reis Voissa'ya hücum etti ve Ekim 1500'de Lefkada adasında bulunan Santa Maria Burnu'ndan görüldü. Böylelikle Kemal Reis 1500 yılı deniz kampanyasını kapatıp donanmayla Kasım ayında İstanbul'a dönüş yaptı.
Bu bir seri deniz kampanyası Venedik ve İspanyol tarihlerinde Modon Deniz Savaşı olarak anılmaktadır.1500'de ortaya çıkan bu deniz ve kara savaşları sonucunda Kemal Reis komutasındaki Osmanlı donanması ve karadan gelen Osmanlı ordusu Venedik'in Mora yarımadası kıyılarında bulunan mühim üslerini eline geçirip Venediklileri büyük zararlara uğrattı.Özellikle Venedikliler tarafından Cumhuriyetin iki gözü adı verilen Modon ve Koron'un kaybı Venedik'in Akdeniz'de egemenliğine büyük bir darbe vurmuştur.Venedik İspanyol yardımı ile İyon Denizi üzerinde olan Kefelonya ve İtika adalarına asker çıkarıp bu adaları egemenliği altına aldı ise de, Mora yarımadasındaki üslerin kaybını bu arazi kazançları hiçbir zaman telafi edememiştir.Bunu üzerine Avrupa devletlerinden ve Papalık'tan yardım istemiştir.
Fransızların Midilli Kuşatması
Papa'nın teşviki ile Fransa da,Venedik'in müttefiki olarak Osmanlı'ya karşı savaş açmıştı.1501 yılının Eylül ayında Ege Denizi'ne giren Fransız donanması 10.000 piyade taşıyordu. Eylül ortalarında da Midilli muhasarası başladı.Bunun üzerine Sultan Bayezid'in Manisa sancakbeyi olan ikinci oğlu Şehzade Korkut, şimdiki Ayvalık'a gelerek 800 kişilik yardımcı kuvveti adaya geçirmişti.Ekim sonlarında Osmanlı Donanması'nın Çanakkale Boğazı'ndan çıktığını öğrenen Fransızlar 6 haftadan beri devam ettirdikleri kuşatmayı kaldırmış ve Mora'nın güneyindeki Çuha Adası açıklarına gelmişlerdi.Burada müthiş bir fırtınaya kapılan donanmadan yalnızca birkaç yüz kişi kurtulabilmişti.Fransız donanması geri çekilirken, İspanyollar hazırladıkları donanma ile Ege'ye girmiş fakat Fransızlarla birleşemediklerinden dolayı hiçbir şey yapamadan geri dönmüşlerdir.
Savaşın Son Yılları ve Barış Anlaşması
Venedik, Osmanlı Devleti ile artık başedemiyordu.Özellikle Osmanlı akıncılarının yapmış olduğu her akın Venedik için büyük bir tehlike idi.Zira Osmanlıların her an için Venedik şehrini dahi istila etme ihtimali mevcuttu.Mora'dan tamamıyla atılan Venedik, denizlerde de faaliyet gösteremiyor, Kemal Reis başta olmak üzere Türk denizcileri Venedik'e göz açtırmıyorlardı.Kefalonya gibi Aya Mavri adasını da işgal eden Venedik, 1502 yılının başlarında adayı ele geçirdi.Adayı korumakla görevli küçük yeniçeri müfrezesi vuruşmadan kaleyi teslim etmiş ve akabinde silahları ile birlikte İstanbul'a gelmişti.Sultan Bayezid düşmana karşı silah atmadan kaleyi teslim eden bu askerleri idam ettirdi.Birkaç ay sonra adaya gelen Kemal Reis 30 Ağustos 1502 tarihinde Venediklileri adadan çıkardı.13 Ağustos 1502 tarihinde Venedik'in Arnavutluk'ta bulunan son üssü Dıraç'ın da Osmanlı'ya geçmesi ile Venedik'in Yunanistan gibi Arnavutluk'la da bir bağlantısı kalmadı.
Mora ve Arnavutluk'taki büyük üslerini ve denizlerdeki üstünlüğünü kaybeden Venedik için barıştan başka çözüm yolu kalmamıştı.27 Eylül 1502'de kalabalık bir ekiple İstanbul'a gelen Venediklilerle 14 Aralık 1502'de 31 maddelik Osmanlı - Venedik Barış Antlaşması (İstanbul Muahedesi) imzalandı.Yalnız Kefalonya adası Venedik'e bırakılmış, bunun dışındaki tüm fetihleri Venedik tanımıştı.