Cami aslında tek başına yapılmış bir eser olmayıp, cami, medrese, tekke, sıbyan mektebi, kervansaray, hamam, darülkurra, darüşşifadan oluşan bir yapılar grubu (külliye) içerisinde yer almaktadır.
Cami, Osmanlı İmparatorları`ndan II. Selim`in eşi, III. Murat`ın ise annesi Nurbanu Sultan tarafından 1570`lerde Mimar Sinan`a yaptırılmıştır. Bir rivayete göre; Nurbanu Valide Sultan sofradaki ekmek kırıntalarını avucuna toplar ve onları yermiş. Bu durum, gelini Safiye Sultan tarafından yadırganır ve eşi Sultan III. Murat`a şikayet konusu olurmuş. Bir yemek davetinde annesinin bu hareketini gören III. Murat, annesine sert bir dille avucunu açmasını söylemiş. Nurbanu Sultan avucunu açtığında, o ekmek tanecikleri oğluna ve gelinine birer inci gibi görünmüş. Bundan şaşkınlığa uğrayan ve annesine karşı mahcup duruma düşen III. Murat bu eziklikle Mısır Seferi`ne çıkacağı sırada annesinden helallik istemiş, Nurbanu Sultan da hakkını helal etmesi için; kendi adına bir külliye yaptırmasını ve içersinde herşeyin bulunmasını söylemiş.
Mısır Seferi`nden başarıyla dönen III. Murat annesine vermiş olduğu sözü yerine getirmek üzere eseri nereye yaptırmak istediğini sormuş. Annesi de başındaki yemeniyi çıkarıp rüzgara karşı bırakmış. Yemeni uçmuş ve şu anda caminin bulunduğu arazinin içerisinde bir ağaca takılı olarak bulunmuş. O devrin en gözde mimarı Mimar Sinan eserin yapılacağı yere davet edilmiş ve zemini uygun görüp, muhteşem eseri buraya yapmaya karar vermiş.
Külliye 28 dönüm alan içerisinde kurulu olup, 11 bölümden oluşur. Osmanlının ilk akıl hastahanesi de bu eser içerisinde “Darulşifa” adı altında kurulmuştur. Bu bölümün içinde bulunan sedir ağacı da orta doğunun en yaşlı sedir ağacıdır. Külliyenin bölümleri ise Cami, Medrese, Tekke, Sübyan mektebi, Hamam, Aşhane, Tabhane, Kervansaray, Darulşifa, Aşcı Başı Konağı, Darulkurra ve Darulhadis`dir.
