1227`de yapımına başlanan medrese, 1233 yılında tamamlanarak hizmete girmiştir. Halife Mustansır`ın eseri olan medrese, 1273 yılında Dicle taşkınından zarar gördüğünden duvarları ve döşemesi tamir edilerek tekrar hizmete sokulmuştur. Birçok yangın ve su taşkınlarına sahne olan yapı, XVI. yy. sonlarında terk edilmiştir. 1668`de Evliya Çelebi`nin seyahati sırasında Mevlevi(hane) tekkesi olarak kullanıldığı kaydedilmektedir. Vali Ebu Said Süleyman Paşa (1779-1802) tarafından han haline getirilen medrese, 1827 yılına kadar vergi dairesi, XIX. yy. ortalarına kadar da gümrük deposu olarak kullanılmıştır. 1945 yılında Gümrük Müdürlüğü`nden Eski Eserler Müdürlüğü`ne devredilerek büyük ölçüde tamir edilmiş, 1960`da İslam Eserleri Müzesi adıyla hizmete açılmıştır. Aynı yıl çevre kazıları başlayan bina, 1982-1983`te yeniden elden geçirilmiştir.
Dicle Nehri kıyısında, geniş bir alanda kurulan medrese, tam simetrik olmayan bir plana sahiptir. Dışarıdan 104.80 m. kenar uzunluklarıyla 1710 m2lik bir alan teşkil etmektedir. Avlunun etrafında eyvanlar, medrese hücreleri ve çeşitli amaçlarda kullanılan büyük odalar sıralanmıştır.
Girişle birlikte 3 eyvanlı olan medresenin dördüncü eyvanı mescid haline getirilmiştir. İki katlı medresenin güney kısmında mescidin iki yanında üst kata çıkılan 2 merdivenli hücreyle, katlarda doğuda 7, batıda beşer hücre yer almaktadır. Kuzey kısmında, giriş eyvanının iki yanında 2 büyük, merdivenli hücrelerden sonra solda 7, batıda 5 hücre sıralanmıştır. Doğu ve batı eyvanlarının iki yanından ikişer hücre, doğu eyvan-hücre dizisinin arkasında iki kat boyunca uzanan 6 büyük mekan, batıda ise ikişer mekan yer almaktadır. Medresenin batısındaki dışa açılan eyvan, dar-ul Kur`a olarak yapılmıştır. Üst katta, eyvanlarla mescid arasında kalan hücreler daha küçük olup, önlerinde revaklar yer almaktadır.
Eyvanların ve medrese hücrelerinin açıldığı dikdörtgen avlunun ortasında bir havuz bulunuyordu. Dicle`den bir dolap vasıtasıyla sağlanan su önce havuza doluyor, sonra üstten bir kanalla tekrar Dicle`ye akıyordu. Ayrıca, medrese ile Dicle`nin arası rıhtım şeklinde bir set haline getirilerek medreseden nehre geçilebiliyordu. Bugün yıkılmış durumdadır.
