Japon mitolojisi eski Japon mitleri, efsaneleri ve inançlarıdır. Japon halkının etnik inancı olan Shintō'yu çok iyi bir biçimde yansıttığı gibi Japon tarihine de ışık tutar. M.Ö. 6. yüzyıldan önceki Japon tarihi efsane, yani Kamiyo 神代 (Tanrılar Çağı) olarak kabul edilir.
Günümüzde genellikle ana akım olarak bilinen Japon mitleri Kojiki, Nihon Shoki ve bazı tamamlayıcı kitaplara dayanmaktadır. Kojiki Japonya'nın mitleri, efsaneleri ve tarihi hakkındaki en eski metinlerdir. Shintōshū ise Budist bakış açısıyla Japon tanrılarının kökenini açıklamaktadır.
Kojiki 古事記 (Eski Olayların Kayıtları) Japon tarihinin ilk yazılı kaynağı olmakla birlikte Shintō ve Japon mitolojisinin temel kaynağı olma niteliğine de sahiptir. Ancak Çince ve Japonca karışık bir şekilde yazıldığı için yeterince açıklayıcı ve anlaşılır değildir. Bu yüzden 720 yılında tamamen Çince olarak Nihon Shoki 日本書紀 (Japonya Yıllıkları) yazılmıştır. Her iki eserde de M.Ö. 7. yüzyıl ile M.S. 7. yüzyıl arasında geçen efsanevi ve tarihî olaylar kaleme alınmış, hükümdarlık ailesinin ve aristokrat ailelerin soyu tanrılara (kamilere/神々) dayandırılmıştır. Buna göre imparatorluk ailesinin -Yamatolar- atası Güneş Tanrıçası (megami/女神) Amaterasu ile Gök Kamisi Takami-musuhi'ye iken aristokrat ailelerin ataları Göksel Kaya Mağarası (Ame-no-Iwato/天の岩戸) mitinde görev alan tanrılardır. Ülke askeri yönetici (Shōgun) tarafından yönetildiği dönemlerde bile imparator dinî lider olarak görevine devam etmiş, 1868 yılında milliyetçiliğin ağır basması sonucu Shintō yeniden önem kazanmış ve Shōgunluk bertaraf edilmiştir. Ancak 1945 yılında Japonya'nın II. Dünya Savaşı'nı kaybetmesinin ardından İmparator Hirohito bu iddiadan vazgeçmiştir.
