Bilgi bakımından, empirik ya da duyusal bilgiye hiç değer vermeyen Herakleitos, gözlerin ve kulakların kötü tanıklar olduğunu öne sürerek, rasyonalizmin savunuculuğunu yapmıştır. Çok şey bilmeye, ansiklopedik bir bilgiye karşi çikan filozof, çok şey bilmenin akıllı olmayı ögretmedigini söylemiştir. Siyasi alanda, demokrasi karşitı eğilimlerini, çogunluk geniş halk yığınlarına karşi duyduğu nefretle birleştiren ve 'bir kişinin, yetkin biriyse eğer, kendisi için, on bin kişiden daha değerli olduğunu' söyleyen Herakleitos'un metafiziğinin en önemli tezi, hiç kuşku yok ki, çatisma ve savaşin herşeyin babası olduğu düşüncesidir. Ona göre, karşitların savaşi, varlık ya da oluşun tek ve en önemli koşuludur. Zira bu savaş olmasaydı, hiçbir şey varolmayacaktı. Bundan dolayı, varlıkların doğuş ya da varlığa gelişi, birbirlerine karşıt olan ve dolayısıyla birbirlerini varlıkta tutan karşitların çatismasina bağlıdır.
Onun varlık ögretisinin ikinci tezi ise, herşeyin birliğini ortaya koyar. Birlik, tıpkı İyonyalı düşünürlerde olduğu gibi, evrenin ilk maddesinden, evrendeki herşeyin kendisinden doğduğu maddi tözden meydana gelir. Bu birliği ateşte bulan Herakleitos'a göre, ateş, örnegin yoğunlaştığı zaman, nemli hale gelir ve basınç altında suya dönüşür. Su donduğu zaman ise, toprak olup çikar. Onun ilk madde olarak ateşi seçmesi, daha çok ondaki oluşu, değişme ve birlikten çokluga geçiş sürecini en iyi, yakarak ve yıkarak yaşayan ateş ifade ettiği için önem taşir.
Herakleitos birliğin olduğu kadar, çoklugun da hakkını veren bir filozoftur. Başka bir deyişle, o monist bir filozof olduğu kadar, aynı zamanda bir çokluk filozofudur. Onun çokluk filozofu olmasını mümkün kılan şey ise, oluşu ön plana çikartmis olmasıdır. Herakleitos'a göre, çokluk ya da karşitlar olmaksızın, varlık ya da oluş olamaz. O, bir yandan da çoklugun birliğe dayandığını söylemiştir. Bundan dolayı, çokluk olmadan birlik, birlik olmadan da çokluk olamaz. Evren, aynı zamanda hem bir ve hem de çoktur; bu da, oluşla ifade edilir.
Herakleitos, birlikten çokluga geçiş ve oluş sürecini, ateşle ve dolayısıyla akış düşüncesiyle ifade etmiştir. Bu onun varlık görüşünün üçüncü temel tezini meydana getirmektedir. Şeylerin sürekli akışı, herşeyin akmakta oluşu, evrenle ilgili en önemli doğrudur. Ona göre, evrende kalıcılık ve durağanlık yoktur; herşey değişmekte, yakarak, yıkarak yaşamaktadır.
Herakleitos kendisinden önceki filozofların boşu boşuna evrende kalıcılık ve süreklilik aradıklarını, oysa evrende kalıcılık bulunmayıp, mutlak bir değişmenin söz konusu olduğunu öne sürmüştür. Nehir akıp gittiği için, o aynı nehre iki kez giremeyeceğimizi belirtir. Evrende hiçbir nesne, nesnelerin hiçbir özelligi yoktur ki, değişmeden aynı kalsın. Herşey bir başka şeyin yıkımı ve ölümü sayesinde varlığa gelmekte ve daha sonra yok olup gitmektedir. Evrendeki tüm ögeler arasında sürekli bir çatisma ve savaş hali vardır ve değişmeyen tek şey, bu değişme halinin sonucu olan kozmik denge durumudur.
Ek bilgi
Yunan bilimi açısından önemli diğer bir İyonya kenti de Efes'ti. Herakleitos burada doğmuştur. Pek çok yer gezmiş ve sonunda yine doğduğu kente dönmüştür. Çok hacimli olan yapıtı Peri tu Pantos 'u (Bütün Üzerine) Artemis Tapınağı'na saklamıştır. Bu yapıtı o kadar anlaşılmaz bir biçimde yazmıştır ki bu yüzden ho scotenios (karanlık adam) adıyla nitelendirilmiştir. Pers kralı Darios, Herakleitos'u sarayına çağırmış ve kitabında yazmış olduğu görüşleri açıklamasını istemiş. Kitap üç bölümden oluşuyormuş. Bu bölümlerde, evreni, siyaseti, ahlakı ve ilahiyatı ele almış. Diğer doğa filozoflarında olduğu gibi, görünürdeki çeşitliliğe karşın, evrende tözsel bir birliğin var olduğunu ve bu tözün ateş olduğunu savunmuş.Herakleitos, "Her şey akar." (Panta rhei) diyerek, var olan her şeyin, tıpkı ateş gibi, sonsuz bir akış içinde olduğunu söylemiştir. Duyularımıza çarpan her şey o an için vardır; ancak sonraki anda yok olmakta ve hemen başka bir varlığa dönüşmektedir. Nesneler arasında en akıcı, en esnek olanı ateştir. Ateş yok olurken hava, hava yok olurken su meydana gelir. Güneş, ölümsüz ve sürekli olarak değişen bir ateş kaynağıdır.
Evrendeki düzensizlik, arka alanda yatan harmoniyi (düzen ve uyumu) gizler. Aslında her değişiklik, evrende içkin olarak var olan bir kurala göre gerçekleşir. Her nitelik, bir yerde, karşıtını da içerir. Bu nedenle bugün var olanlar yarın yok olacaktır. Bu karşıtlar, doğanın genel tablosunda bütünleşir ve birleşirler : Gece ve gündüz, yaz ve kış, savaş ve barış, tatlı ve acı, tokluk ve açlık aynı bütünün karşıt görünümleridir. Gerçek olan, araştırılması ve bilinmesi gereken, şu görünen karmaşa değil, görünmeyen harmonidir.
Herakleitos, aslında çok mutsuz bir kişidir; çünkü her şeyin göreli olduğuna ve kaybolup gittiğine inanmıştır.